Análisis de un texto científico

Hemos visto las características y la estructura de un texto científico, ahora es el momento de identificarlos en uno de verdad. 

Este trabajo, el primero de la parcial, consistía en resaltar las partes de un texto científico que nos agradara para realizar un análisis más detallado sobre sus componentes y yo decidí hacerlo sobre un tema de genética porque me gusta mucho, sin embargo no encontré algo como lo que estaba buscando. Pero aquí está este:

DIVERSIDAD GENÉTICA EN LA CABRA CRIOLLA VENEZOLANA

MEDIANTE ANÁLISIS CON MICROSATELITES  

Genetic Diversity In Venezuelan Creole Goat Through Microsatellite Analysis

José Aranguren-Méndez, María Portillo-Ríos, Xomaira Rincón, Amparo Martínez, Luis Dickson y Ramón D’Aubeterre

Laboratorio de Genética Molecular. Facultad de Ciencias Veterinarias de la Universidad del Zulia. Maracaibo Venezuela, Laboratorio de Genética Molecular Aplicada. Departamento de Genética, Universidad de Córdoba 14071-Córdoba-España, Instituto Nacional de Investigaciones Agrícolas. INIA-Lara. Venezuela. atilio.aranguren@fcv.luz.edu.ve- atilioaranguren@gmail.com

RESUMEN

Se estimó la diversidad genética en la cabra Criolla venezolana mediante la amplificación por PCR de 29 microsatélites en 50 animales. El conjunto de marcadores moleculares utilizados son los propuestos por la FAO y la ISAG para estudios de biodiversidad. Los resultados muestran que existe una alta variabilidad genética, con una heterocigosidad esperada de 0,65 y numero medio de alelos de 6,2. La medida de diversidad genética reveló un buen estatus de la biodiversidad en la cabra Criolla venezolana, lo cual permite concluir que, el uso sistemático de los marcadores moleculares en este tipo de estudio podría facilitar el entendimiento del manejo poblacional y constituirá una excelente estrategia para la conservación de esta especie.

Palabras clave: Diversidad genética, cabra, conservación, microsatélite.

ABSTRACT

Genetic diversity in the Venezuelan Creole goat breed was estimated using PCR amplification of 29 microsatellites in fifty animals. The used sets were the ones proposed by the FAOand ISAG for biodiversity studies. The results of the present study showed that the genetic diversity was high, with an expected heterozygosity average of 0.65 and a mean number of alleles per locus of 6.2. Genetic diversity measures revealed a good status of biodiversity in the Venezuelan Creole goat breed. The systematic use of molecular markers will facilitatethe comprehensive management of the populations and will constitute a good strategy to preserve this specie.

Key words: Genetic diversity, goat, conservation, microsatellite.

INTRODUCCIÓN

La cabra (Capra hircus) es una de las primeras especies en ser domesticadas, ya hace más de 10 mil años y ocurrió cerca de las laderas de la regiones del Suroeste de Asia, en las montañas Zargos, lo que hoy en día se corresponde con la fron-tera entre Irán e Irak [28]. Cabe destacar que, debido a su tamaño reducido y capacidad de adaptación alta a medioambientesdiversos es la especie más ampliamente difundida en el mundo y representa una de las cuatro primeras especies de importancia mayor en lo que a producción de alimentos se refiere [21]. En América, la cabra llegó a través de los conquistadores españoles, provenientes del sur de España y las Islas Canarias [33, 39,42]. Esta especie no fue traída con fines meramente productivos, más bien como provisión de la tripulación y el desecho fue dejado en las Antillas [43], desde donde ingresaron a Venezuela por la Península de Paraguaná e Isla de Margarita [32, 38].

Se cree que las primeras cabras venían más específicamente de Granada, Murcia y/o Málaga y que pertenecían a las razas Blanca Celtibérica o Serrana y Castellana de Extremadura [1]; no obstante, estudios recientes con ADN mitocondrial indica una gran influencia de la raza canaria en las razas caprinas de Centro y Suramérica [2]. La abundancia de pastos naturales, el desconocimiento de prácticas de manejo por parte de los nativos y la poca galanura de la actividad para serrealizada por los conquistadores hicieron que estos animales se esparcieran libremente por el nuevo continente [31].

En la actualidad, Venezuela cuenta con una población estimada de 1.057.056 caprinos, aunque se desconoce cuántos de ellos, son criollos [34]. A pesar de todo ese potencialque presentan las razas locales, como son la gran adaptación al medio tropical, la resistencia a plagas y enfermedades del trópico atraviesan una gran erosión, producto principalmente del cruzamiento constante con otras razas foráneas mejoradoras en la búsqueda de producir cada vez mayor cantidad de alimentos [37]. Al perderse estas razas, se pierden los genes que poseen, y el mayor problema es el gran desconocimiento que se tiene de muchas de estas poblaciones con tendencia a la extinción, en cuanto a su posible respuesta a la mejora genética, a la productividad en un ambiente determinado, o sí son portadoras de algunos genes mayores interesantes y valiosos en los momentos actuales o en el futuro [3, 4].

Otro de los factores que afectan a estas poblaciones minoritarias son los apareamientos entre individuos emparentados, que se traducen genéticamente en un incremento de la consanguinidad (homocigosis) con la consiguiente depresión consanguínea, es decir, una reducción de los valores medios fenotípicos de los caracteres productivos y reproductivos, y por último, y como consecuencia de esos problemas reproductivos, la disminución inevitable y/o extinción de la población [48]. Pese a que se calcula que el sustento total o parcial de cerca de 2000 millones de personas en el mundo depende del mantenimiento de razas de animales locales o criollas, la mayoría está en riesgo de perderse al ser remplazadas por animales foráneos [17, 37].

La disminución en el número mundial de razas está afectando de forma dramática a todas o casi todas las especies, surgiendo la controversia de si se tienen o no que conservar [26, 29]. En la conservación de los recursos genéticos, el objetivo principal consiste en preservar la variabilidad dentro de las poblaciones, bajo la hipótesis de existencia de correlación entrela variación genética y la viabilidad de la población. Por ello, la necesidad de cuantificar dicha diversidad (variabilidad), para así poder realizar una mejor y más acertada política de conservación [3]. Consecuentemente, una de las etapas principales de un programa de conservación consiste en la evaluación de la diversidad genética y su distribución en la población [4].

En los últimos años, la Organización de las Naciones Unidas para la Alimentación y la Agricultura (FAO), ha propuesto para el manejo de los recursos genéticos, metodologías moleculares para el análisis de los locimicrosatélites [9,30]. Los microsatélites son un tipo de marcador de ADN de 1 a 6 pares de bases (pb) que se repiten aleatoriamente en el genoma, hasta unas 60 veces, y están considerados como una de las herramientas más poderosas para estudios genético-poblacionales [10]. Los microsatélites, debido a su propianaturaleza, presentan ciertas características que los hacen ser marcadores de elección para estudios de genética de poblaciones. Estas son: primero, se encuentran ampliamente distribuidos por todo el genoma; segundo, exhiben un grado de polimorfismo alto y tercero, son automatizables fácilmente con la posibilidad de amplificación múltiple de hasta más de cinco loci en una simple reacción de Polymerase Chain Reaction Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) y de cargas múltiples de hasta más de 15 loci por línea de análisis, en algunos sistemas optimizados [10]. Adicionalmente, y dado que se asumen como neutros a la selección, la diversidad genética observada es consecuencia únicamente de la deriva genética y la mutación [5].

El objetivo principal de este artículo fue caracterizar la variabilidad genética en la cabra Criolla de Venezuela a través del análisis de un conjunto de microsatélites, todo ello enmarcado como punto de inicio para la futura puesta en marcha de un programa de conservación genética de este germoplasma.

MATERIALES Y MÉTODOS 

Muestras analizadas 

Se obtuvieron muestras de sangre de 50 caprinos criollos (34 hembras y 16 machos),pertenecientes a un rebaño producto de un programa de recuperación de la raza que lleva a cabo el Instituto de Investigaciones Agronómicas (INIA-Lara) estación el Cují ubicada en el Km. 7 de la vía Barquisimeto-Duaca, parroquia Catedral del municipio Iribarren del estado Lara, Venezuela y que contó con la reagrupación de animales puros aún existentes, procedente de explotaciones ganaderas diferentes. El ADN se extrajo a partir de glóbulos blancos, de acuerdo al método estándar que incluye el lisado celular y la extracción con la mezcla de fenol:cloroformo:isoamilalcohol, en una proporción 25:24:1 [7].

Marcadores microsatélites 

Para el estudio de la variabilidad genética se utilizaron 29 marcadores del tipo microsatélites: BM13291, BM1818,BM6506, BM6526, BM8125, CRSM60, CSRD247, CSSM66, ETH10, ETH225, HAUT27, HSC, ILSTS011, ILSTS19, INRA5, INRA63, MAF209, MAF65, McM527, MM12, OarFCB11,OarFCB304, OarFCB48, SPS115, SRCRSP23, SRCRSP24, SRCRSP5, SRCRSP8 y TGLA122. Estos microsatélites han sido propuestos por la FAO y la International Society Animal Genetics (ISAG) para estudios de biodiversidad. Las secuen cias de los cebadores (“primers”) y las condiciones de las reacciones de PCR pueden apreciarse en la TABLA I.

Condiciones de la PCR múltiplex 

Las PCR múltiplex fueron llevadas a cabo en una reacción final de 15 μL, de acuerdo a la metodología de Martínez y col. [31]. Para realizar la separación por tamaños de los fragmentos obtenidos mediante la PCR se sometieron éstos a una electroforesis en gel de poliacrilamida en un secuenciador automático ABI 377XL (Applied Biosystems, Foster City, CA,EUA). El análisis de los fragmentos y la tipificación alélica se realizó mediante los programas informáticos Genescan Analisys 3.1.2 y Genotyper 2.5, respectivamente.

Análisis estadístico 

Las frecuencias alélicas (disponibles por parte de los autores, previa solicitud) y los valores medios de heterocigosidadesperada (HE) y observada (HO), para cada uno de los locipolimórficos y el test de frecuencias genotípicas para la desviación del equilibrio Hardy-Weinberg (EHW), fue calculado utilizando un test exacto mediante el programa CERVUS usando el método de la Cadena de Markov [24].

Así mismo, se calculó el índice de contenido polimórfico PIC) [12] y la probabilidad de exclusión (PE) de cada uno de los marcadores y la combinada para el conjunto de los loci analizados [24].

RESULTADOS Y DISCUSIÓN

Todos los marcadores amplificaron correctamente y fueron polimórficos en la cabra Criolla, excepto el marcador BM8125, quien resultó ser monomórfico. El número de alelos detectados por locus varió de dos para los microsatélites MAF209 y SPS115, a 14 en el microsatélite CSSM66 (TABLA II). En la Cabra Majorera el marcador BM8125 reporto 6 alelos y una PIC de 0,733, descartando el monomorfismo de este marcador en caprinos [1].

Se detectaron un total de 182 alelos, con un número medio de alelos por locus (Na) en la población global de 6,28, valor este moderado, coincidiendo con reportes en la cabra canaria Majorera con un Na de 6,95 [1], no obstante, resulto ser inferior a los valores hallados en las cabras nativas de China

de 12 alelos [27].

La diversidad genética encontrada en la cabra Criolla en Venezuela, correspondió a 0,65, valor alto y que se encuentra en el rango reportado para otras cabras criollas y que oscila entre 0,59 y 0,82 [15, 16, 41, 44, 45] y muy próximo al valor de 0,70 indicado para las cabras nativas andaluzas, portuguesas, indianas y peruanas [13, 18, 20, 31]. No obstante, resultó ser superior a lo reportado en la cabra Majorera en Fuerteventura, de tan solo 0,59 [1]. El valor medio del PIC, lo cual es un índice de que tan informativos son estos marcadores, correspondió a 0,60, indicando que son altamente informativos para esta población.

El índice de contenido polimórfico (PIC), entre los alelos polimórficos osciló de 0,28 para el alelo MAF209 a 0,83 para el alelo SRCRSP23 (TABLA II). Sobre este particular la literatura indica que, la distribución de la frecuencias alélicas de los marcadores resultan muchas veces ser más importantes, que el número absoluto de alelos por marcador, de esta manera aquellos marcadores con PIC superiores a 0,5 son indicativos de altamente informativos, entre 0,25 y 0,50 medianamente informativos y pocos informativos, aquellos cuyos PIC estén por debajo de 0,20 [1, 15]. En este estudio el 82% (23/28) estuvieron por encima de 0,5 y solo un marcador fue poco informativo, lo que permite indicar que se cuenta con un panel altamente informativo y de gran utilidad para estudios poblacionales, coincidiendo con otros estudios en cabras criollas [16].

La probabilidad de exclusión con este set de marcadores, ya sea con un padre conocido o ambos, arrojó una sensibilidad del 99,99%, es muy poco probable que una paternidad falsa no sea reconocida, lo que lo hace excelente para posibles pruebas de paternidades u probabilidades de origen, estos hallazgos coinciden con otros reportes en cabras Criollas utilizando microsatélites [15,31, 45].

La gran mayoría de los marcadores estuvieron en EHW, excepto los microsatélites CSRD247, ILST5011, CSSM66, ETH225, ETH10 y SRCRSP24, los cuales presentaron un déficit de heterocigoto que oscilo entre 15,2 y 41,6% (P<0,05). Una posible explicación, a que esta población de reducido tamaño censal se halle en equilibrio genético de Hardy-Weinberg, podría deberse al hecho de que dicho rebaño se fue conformando a partir de la reagrupación de individuos, coincidentes con el prototipo racial, de diferentes propietarios y de diversos lugares de la región. Posiblemente, la poca relación de parentesco existente entre ellos, y la más probable aleatorización de los apareamientos, ha comportado que está reducida población de cabras criollas muestre un bajo nivel de consanguinidad (5,3%). 

No obstante, la presencia de déficit en 6 de los 29 marcadores analizados, pudiese ser debido a dos causas; primero a un posible efecto de autostop o arrastre, al estar dicho marcador posiblemente asociado a una característica fenotípica de interés [5] o bien debido a la presencia de alelos nulos no detectables en estos marcadores. Confirmar esta posibilidades difícil, ya que se considera un alelo como nulo cuando no puede ser amplificado, debido principalmente a una mutaciónen el punto de hibridación del cebador [3, 5]. Su determinación sería posible si se presentara en homocigosis, ya que no se obtendría producto amplificado de un determinado individuo para ese locus. Sin embargo, la existencia de dichos alelos es especialmente difícil de detectar cuando su frecuencia en la población es baja y cuando no se dispone de información genealógica fiable, como sería nuestro caso.

CONCLUSIONES

A pesar del grado de mestizaje alto con razas especializadas que se viene dando en países en desarrollo y la ausencia de un plan nacional de conservación, la cabra Criolla en Venezuela presenta niveles de diversidad genética altos (0,65), lo que la hace una especie con un gran interés para ser conservada. No obstante, se debe llevar a cabo progra mas deapareamientos de mínima consanguinidad para evitar la pérdida de variabilidad genética en esta raza.

Sobre ese particular, estudios que involucren análisis con marcadores genéticos tales como secuencias microsatélites, resultan ser muy valiosos para estas poblaciones locales y contribuyen a la creación de planes de conservación propios.

AGRADECIMIENTO

Los autores desean expresar su agradecimiento al Consejo de Desarrollo Científico y Humanístico de la Universidad del 241 Zulia (CONDES) por el financiamiento de esta investigación a través del Proyecto CC-0445-2012. Los datos aquí presenta dos forman parte del BioGoat Consortium (Cordoba-Spain).

REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS

[1] ACOSTA, J.M.; MARTÍNEZ, A.; PESTANO, J.; CABELLO, A.; BROWN, R.P.; SARAH-REY, S.; DELGADO, J.V. Caracterización genética de la cabra Majorera de Fuerteventura con microsatélites. Arch. Zoot. 54: 261266. 2005.

[2]AMILLS, M.; RAMÍREZ, O.; TOMAS, A.; BADAOUI, B.;MARMI, J.; ACOSTA, J.; SÁNCHEZ, A.; CAPOTE, J. Mitochondrial DNA diversity and origins of South and central American goats. Anim. Genet 40:3 315-322. 2009.

[3]ARANGUREN-MÉNDEZ, J.; JORDANA, J.; GÓMEZ, M. Genetic Diversity in Spanish donkey breeds using microsatellite DNA markers. Gen. Sel. Evol. 33(4): 337-347.2001.

[4] ARANGUREN-MÉNDEZ, J.; JORDANA, J.; AVELLANET, R.; TORRENS, M. Estudio de la variabilidad genética.

Estructura
En este tipo de texto científico, artpiculo de investigación, no es difícil encontrar sus partes ya que estas ya vienen separadas y marcadas para facilitar su comprensión y lectura.

Características

朱Basarse en una investigación real: En este tipo de textos no es difícil distinguir si la investigación es real porque ellos mismos tuvieron que realizarla para redactar el trabjo, aunque no lo mencionan en ningún momento.

朱Carácter colaborativo: Puede notarse desde el inicio en la parte en la que aparecen los nombres de las personas que participaron, que aquí son 6, y las distintas universidades a las que pertenecen, de dos países muy diferentes.

朱Objetividad: Los cieníficos no dan su opinión en ningún momento, ni siquiera en las conclusiones, tan solo se dedican a mostrar los hechos como puede verse en el fragmento "A pesar del grado de mestizaje alto con razas especializadas que se viene dando en oaíses en desarrollo, la cabra criolla en Venezuela presenta niveles de diversidad genética altos"

朱Rigor:Todos los experimentos que ellos realizaron se llevaron a cabo con la ayuda de prestigiosas instituciones y con los materiales, procesos y estándares propuestos por ellos. 
朱Verificabilidad:Todo lo que se dice en el texto está fundamentado ya que se basa en los reultados que obtuvieron de os experimentos, pero si eso no basta también redactaron la forma en la que puede llevarse a cabo el experimento para repetirlo. 
朱Universalidad: Ya que los hechos pueden ser comprobados y el escrito no resenta palabras propias de un lugar en específico, estos son válidos y pueden ser comprendidos en cualquier parte del mundo. 
朱Claridad: El texto sigue un orden en su redacción y las oraciones están escritas de forma simple pero bien construidas. 
朱Uso de tecnisismos: El texto no utiliza demasiados porque, salvo los términos que hablan sobre genética, no hay otras palabras complicadas, como es el caso de "las frecuencias alélicas y los valores medios de heterocigosidad esperada y observada para cada uno de los loci poliméricos y el test de frecuencias genotípicas..."
朱Precisión: Aparte de lo anterior no hay otras cosas que fueran complicadas de entender, todo es muy digerible y no hay frases que puedan tener más de un significado y confundan al lector.
朱Prioridad informativa: Siempre se deja muy en claro que lo que se pretende es dar a conocer la variabilidad genéica de la especie para fomentar la puesta en marcha de propgrama de conservación.

Aquí puedes encontrar el artículo completo:

     www.redalyc.org/html/959/95926665012/